Geboren in Alicante, studierte Javier Zafra Barockfagott und Kammermusik am Koninklijk Conservatorium in Den Haag.

Er war Mitglied des European Union Baroque Orchestra (EUBO) unter der Leitung von Ton Koopman und spielte solistisch mit den besten europäischen Ensembles wie Anima Aeterna, Orchestre des Champs Elysées, Capella Cracoviensis (Jan Tomasz Adamus, mit dem er 2016 das Mozart-Fagottkonzert spielte und aufnahm), Concert de La Loge (Julien Chauvin) und Ensemble Balthasar Neumann.

Er hat mit Dirigenten wie Thomas Helgenbrock, Philippe Herreweghe, Gustav Leonhardt, René Jacobs, Pablo Heras-Casado und Sir Simon Rattle zusammengearbeitet.

Da sein Hauptinteresse der Kammermusik gilt, spielt er regelmäßig mit Ensembles wie Nachtmusique (Eric Hoeprich), Ensemble Dialoghi (Lorenzo Coppola) – mit dem er Mozart- und Beethoven-Quintette für Klavier und Bläser aufgenommen hat (Harmonia Mundi France, 2017), Kristian Bezuidenhout, Alexander Melnikov oder Isabelle Faust – mit denen er Schuberts Oktett und Strawinskys Histoire du Soldat auf historischen Instrumenten aufgenommen hat (Harmonia Mundi France; 2018 und 2020).

Als Solist trat er in bedeutenden Konzertsälen wie dem KKL Luzern, der Wigmore Hall (London) oder im Lincoln Center (New York) auf, um nur einige zu nennen.

Javier Zafra war von 1999 bis 2023 Solofagottist des Freiburger Barockorchesters und ist seit 2016 Solofagottist des Ensemble Pygmalion unter der Leitung von Raphaël Pichon in Paris, wo er mit seiner Familie lebt.

Nach Lehrtätigkeiten an der Baden-Württembergischen Ensemble-Akademie Freiburg und der Musikhochschule Freiburg unterrichtet er seit September 2018 am Koninklijk Conservatorium Brüssel.